Kuntayhtymän jäsenkunnista Haapavesi ja Siikalatva valitsevat yhtymäkokoukseen kolme jäsentä ja Pyhäntä kaksi jäsentä, joille valitaan henkilökohtaiset varajäsenet. Kullakin jäsenellä on yhtymäkokouksessa äänimäärä, joka on jäsenkunnan väkiluku kokousta edeltävän vuoden viimeisenä päivänä jaettuna yhtymäkokousedustajien lukumäärällä.
Yhtymäkokouksen puheenjohtaja valitaan kokouskohtaisesti. Yhtymäkokouksiin voidaan kutsua kuultavaksi asiantuntijoita ja sidosryhmien edustajia.